Die Schulkonferenz ist das oberste Beschlussgremium. Die Schulkonferenz setzt sich an der Gottfried-Semper-Schule aus je zwölf LehrerInnen, Eltern und SchülerInnen zusammen. Die SchülerInnen dürfen ab der siebten Jahrgangsstufe in die Schulkonferenz gewählt werden, auch die Lehrerinnen und Eltern werden gewählt. Die Schulleiterin und der Vertreter des Schulelternbeirats sind Kraft ihres Amtes in der Schulkonferenz. Die Beschlüsse der Schulkonferenz sind von der Schulleiterin auszuführen.